Výpočetní prostředí R spouští následujícím způsobem:

• Nejprve je nutné systému modules sdělit, že jej chcete používat

  module load R

• Nyní je již k dispozici příkaz R

Předvolená instalace R je v adresáři /usr/local/pkg/R/default, což aktuálně odpovídá verzi 2.12.1. Současný systém zprávy progamů na našem clusteru umožňuje instalovat mnoho různých verzí programu. Nyní jsou k dispozici tyto verze:

madlik@r0:~$ module avail R

module avail R
------------------------------------------------------------ /usr/local/pkg/Modules/Core -------------------------------------------------------------
   R/3.1.3-gnu    R/3.2.0-gnu (D)

Verzi zvolíte příkazem load s parametrem plného názvu R s číslem verze, např. module load R/2.2.0-gnu.

Spuštění na nodech

Připravíme si soubor s popisem úlohy. Např. tento rtest.sh:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=R1
#SBATCH --output=r_output.txt
#
#SBATCH -n 1
#SBATCH -p q2
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=madlik@karlin.mff.cuni.cz
module load R
cd ~/ulohaR1
R --no-readline --save < vypocti.R

A systému jej předáme obvyklou cestou:

sbatch rtest.sh